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O IPAq começa suas atividades tendo como objetivo 4 principais projetos. Todos eles estão contidos no projeto Recife Vivo® de preservação ambiental, que inclui tanto atividades de auditoria e licenciamento de toda a cadeia produtiva dos organismos ornamentais marinhos (OOM), como atividades de pesquisa em manutenção e reprodução de organismos em cativeiro. Os principais sub-projetos do Projeto Recife Vivo® são: Projeto Peixes Recifais: implantação de laboratório para a reprodução de peixes recifais. Tem como objetivos desenvolver metodologias de cultivo de peixes recifais, desde a larvicultura até a engorda; levantar informações sobre os estoques dos peixes recifais de interesse ornamental, bem como estudar medidas mitigadoras do impacto de coleta, com repovoamento ou reintrodução. Projeto Fazenda de Corais: implantação de laboratório de reprodução assexuada de corais hermatípicos e ahermatípicos. Tem como objetivo desenvolver metodologias de cultivo de corais, desde a repicagem até a colônia de porte médio. O estudo de potencial repovoamento e reintrodução está em pauta neste projeto. Projeto Plâncton: implantação de um laboratório de cultivo de fitoplâncton, rotíferos e copépodes, para os tanques de larvicultura e em estudos nutricionais em corais e peixes, bem como para comercialização junto a aquaristas e laboratórios. Projeto Selo Recife Vivo®: implantação padrões de boas práticas, seguindo o 'Marine Aquarium Council Standards', que implica em conferir o selo Recife Vivo/MAC aos colotores, aquicultores, exportadore e lojistas que tenham interesse em se filiar ao programa.
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